El término de Cenicero, ya estuvo poblado en los milenios tercero ó segundo A. De C., tal como lo han demostrado los restos arqueológicos encontrados en los yacimientos de San Justo, Sanchisnal y las Majadas. Éstos restos corresponden a las culturas celta, íbera y romana.
Sabemos de estos poblamientos , pero casi nada más; existiendo un gran vacío en la historia hasta el año 740 en que Alfonso I de Asturias, ayudado por su hermano Franela duque de Cantabria expulsó a los musulmanes de una serie de ciudades,"llevándose a los habitantes cristianos a las montañas y degollando a los arabes", entre estas ciudades estaban Lugo, Zamora ,Salamanca, Osma, Miranda de Ebro, Clunia y las riojanas, Brunes(Briones),Alesanco, Ábalos y Cinisaria ó Cinisario según el texto.
Sobre la etimología de Cenicero, hay dos versiones la popular que dice que era un lugar en el que se reunían los pastores y al quedar las cenizas de sus hogueras, ellos lo denominaban el cenicero ó la versión que traduce Cinisaria por cenizales refiriéndose a los lugares en que se elaboraba el carbón.
Después de las escaramuzas de Alfonso I, que dejó las tierras conquistadas como tierra de nadie, los musulmanes volvieron a conquistar parte de estas tierras, Cenicero entre ellas, pues Ordoño II junto a Sancho Garcés de Navarra conquistaron Viguera, Cenicero y Nájera pasando éstos a formar parte del reino de Navarra, hasta que López de Haro las perdió en Batalla ante Alfonso I "el Batallador" esposo de Doña Urraca, adueñándose entre otras plazas de Logroño, Nájera y Cenicero.
Es de suponer, que en aquellos años de contínuas guerras y estando siempre en tierras fronterizas Cenicero pasaría de Aragón, Castilla y Navarra por todas ellas.
El año 923 se levanta un monasterio en Cenicero a legua y media de Nájera, lo edificó el obispo Teodomiro y puso de Abad a Jorge, monje de Hyrache. El monasterio estaba bajo la advocación de la Virgen María.